「生物環境系統工程學系」，教學內容包括水文學、環境化學、熱力學、土壤科學、生物力學、遙測技術、資訊管理、環境生態、生態水利工程、水土災害防治。研究方向著重於生態環境工程、生本系提供學生優良品質之教學內容與環境，並追求卓越之研究績效。整合系內教學、研究人力與儀器設施，致力於「生物環境工程」、「水土資源與生態工程」與「環境系統與資訊」三核心領域之教學、研究與成果推廣，發展具特色且符合台灣社會需求之重點研究方向。生物環境與設施系統工程主要著重於水土資源工程與保育、地下水開發與污染防治、灌溉排水規劃與水工設計、系統分析與永續發展、鄉村建築與環境規劃、生物環境資訊。以培育生物環境工程、水土資源及環境資訊管理等高級人才培育，並運用工程技術及科學方法，有效管理及利用水土環境及生物資源，提升人類生活環境品質，促進資源永續利用為本系發展目標。